ฟรุกโต-โอลิโกแซ็กคาไรด์เป็นพรีไบโอติกที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่ม เพื่อส่งเสริมการเจริญเติบโตของแบคทีเรียในลำไส้ที่มีประโยชน์ เช่น แลคโตบาซิลลัสและบิฟิโดแบคทีเรีย ปรับปรุงสุขภาพการย่อยอาหาร และช่วยเสริมสร้างภูมิคุ้มกัน พวกมันมักถูกเพิ่มเข้าไปในอาหารฟังก์ชันนัล เช่น โยเกิร์ต ซีเรียล และเครื่องดื่มเพื่อสุขภาพ เพื่อเพิ่มคุณค่าทางโภชนาการ ในภาคอาหารเสริม พวกมันรวมอยู่ในโปรไบโอติกเพื่อสนับสนุนสมดุลไมโครไบโอมในลำไส้ นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารให้ความหวานแคลอรี่ต่ำในผลิตภัณฑ์ปราศจากน้ำตาลและเป็นมิตรกับผู้ป่วยเบาหวาน เนื่องจากมีผลกระทบต่อระดับน้ำตาลในเลือดน้อย และช่วยลดระดับคอเลสเตอรอล ความสามารถในการปรับปรุงการดูดซึมแร่ธาตุ โดยเฉพาะแคลเซียมและแมกนีเซียม ทำให้มีคุณค่าในผลิตภัณฑ์ที่มุ่งเป้าไปที่สุขภาพกระดูก ฟรุกโต-โอลิโกแซ็กคาไรด์ยังใช้ในอาหารสัตว์เพื่อปรับปรุงสุขภาพลำไส้และการดูดซึมสารอาหารในปศุสัตว์และสัตว์เลี้ยง