อัลดีไฮด์อะซีทัลทำหน้าที่เป็นรูปแบบป้องกันของอัลดีไฮด์ในการสังเคราะห์อินทรีย์ ให้ความเสถียรต่อการโจมตีจากนิวคลีโอไฟล์ และช่วยให้สามารถถอดการป้องกันได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะอ่อนโยนสำหรับใช้ในปฏิกิริยาหลายขั้นตอนและการประยุกต์ใช้ทางชีวเคมี