อนุพันธ์ไอโซไซยาไนด์เป็นสารเคมีที่ใช้ในปฏิกิริยาออร์แกนิก โดยเฉพาะปฏิกิริยาหลายส่วนประกอบ เช่น Ugi และ Passerini ซึ่งช่วยในการสังเคราะห์ฮีเตอโรไซเคิลที่มีไนโตรเจนหลากหลายและโมเลกุลเลียนแบบเปปไทด์ สารเหล่านี้จำเป็นสำหรับการนำฟังก์ชันไอโซไซยาไนด์เข้าไป ซึ่งช่วยในการประกอบโครงสร้างที่ซับซ้อนด้วยการควบคุม regioselectivity และความเสถียร ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในเภสัชเคมีและเคมียารักษาเพื่อพัฒนาโมเลกุลชีวภาพ เช่น ยาต้านเชื้อรา ยาต้านไวรัส และยารักษามะเร็ง