ชิโตไตรโอส ทรีไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการวิจัยด้านชีวการแพทย์และเภสัชกรรม เนื่องจากคุณสมบัติทางชีวภาพที่ सक्रिय โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการพัฒนาระบบส่งยาที่ขึ้นอยู่กับ chitosan ช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียรของสารรักษา โครงสร้างของมันเลียนแบบโอลิโกซาคารายด์ตามธรรมชาติ ทำให้มีคุณค่าในการศึกษาการปรับเปลี่ยนภูมิคุ้มกันและการยับยั้งพาธาเจน

ใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการศึกษาการทำงานของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการย่อยสลายไคติน เช่น ไคติเนส (chitinase) เนื่องจากเป็นอนุพันธ์ของน้ำตาลไคตินขนาดเล็ก จึงทำหน้าที่เป็นซับสเตรตหรือตัวกระตุ้นในการทดลอง รวมถึงการทดสอบกิจกรรมไคติเนสเพื่อพัฒนายาต้านเชื้อราและเครื่องมือวินิจฉัย

นิยมใช้ในระบบเพาะเลี้ยงเซลล์พืชและสัตว์เพื่อกระตุ้นระบบภูมิคุ้มกัน เนื่องจากมีฤทธิ์ช่วยกระตุ้นการสร้างสารต้านจุลชีพและโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการตอบสนองต่อการติดเชื้อ ยังใช้ในวิศวกรรมเนื้อเยื่อ โดยส่งเสริมการยึดเกาะของเซลล์และสนับสนุนวัสดุโครงสร้างสำหรับการแพทย์ฟื้นฟู

นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในอุตสาหกรรมการเกษตร โดยเป็นส่วนผสมในสารชีวภัณฑ์เพื่อเพิ่มความต้านทานโรคในพืช และในอุตสาหกรรมเครื่องสำอาง สำหรับผลิตภัณฑ์ที่ต้องการคุณสมบัติในการบำรุงผิวและรักษาความชุ่มชื้น โดยใช้ประโยชน์จาก biocompatibility และความเป็นพิษต่ำ