ใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิกในฐานะสาร derivatizing สำหรับแอมีนและนิวคลิโอไฟล์อื่นๆ เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ไธโอยูเรียซึ่งเป็นสารกลางที่มีคุณค่าในการพัฒนายาและสารเคมีเกษตร หมู่ trifluoromethyl ที่ดูดอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและความเสถียรของผลิตภัณฑ์ที่ได้ ทำให้มีประโยชน์ในการเตรียมสารชีวภาพและวัสดุฟังก์ชันนัล นิยมใช้ในการสังเคราะห์ลิแกนด์ตัวรับ สารยับยั้งเอนไซม์ ยาต้านมะเร็ง และยาต้านจุลชีพ เนื่องจาก trifluoromethyl ให้ความเสถียรทางเมแทบอลิซึมที่ดี นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างระบบคอนจูเกตและโพลิเมอร์ฟังก์ชันนัลที่มีคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์พิเศษ และใช้เป็นรีเอเจนต์ในการทำเครื่องหมายโปรตีนหรือเพปไทด์สำหรับการศึกษาในชีววิทยาระดับโมเลกุล เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยากับหมู่แอมีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ