ใช้เป็นสารตัวกลางหลักในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนที่มีความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น ปฏิกิริยาของมันในฐานะเบนซิลบรอมไนด์ช่วยให้เกิดการอัลคิเลชันของนิวคลีโอไฟล์ เช่น อะมีนและไทออล ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่ากในการสร้างโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการเตรียมตัวยับยั้งการดูดซึมเซโรโทนินแบบเลือกเพศ (SSRIs) และตัวยาสารชีวภาพอื่นๆ โดยที่กลุ่มไตรฟลูออโรมethoxy ช่วยเพิ่ม lipophilicity และความสัมพันธ์ในการจับเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อราบางชนิด เนื่องจากธรรมชาติการดึงอิเล็กตรอนของส่วนไตรฟลูออโรมethoxy ซึ่งสามารถเพิ่มความเสถียรต่อสิ่งแวดล้อมและความจำเพาะต่อเป้าหมาย