ใช้เป็นหลักในฐานะสารตัวทำปฏิกิริยาซัลโฟเนตที่มีปฏิกิริยาสูงในงานสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งช่วยให้สามารถนำกลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์เข้าไปในโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ ปฏิกิริยาของมันทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายับยั้งแบบโคเวเลนต์และโพรบเคมีสำหรับเป้าหมายทางชีวภาพ

ใช้บ่อยในเคมียารักษาโรคสำหรับการสังเคราะห์เอสเตอร์ซัลโฟเนตและในการเตรียมโพลิเมอร์ที่ถูกฟังก์ชันนาไลซ์ นอกจากนี้ยังใช้ในแอปพลิเคชันเคมีคลิกเนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยาของหมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ ซึ่งสนับสนุนเทคนิคการไบโอคอนจูเกชันและการติดฉลาก