ไซโคลแทรกซิน บี ถูกใช้หลักๆ ในการวิจัยทางประสาทวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาบทบาทของตัวรับ TrkB ในสมอง โดยทำหน้าที่เป็นตัวยับยั้งแบบเลือกสรร (selective antagonist) ที่ยับยั้งการส่งสัญญาณของ TrkB ซึ่งช่วยให้นักวิจัยเข้าใจการมีส่วนร่วมของมันในกระบวนการพลาสติกประสาท การเรียนรู้ และกระบวนการความจำ สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการตรวจสอบโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท เช่น โรคอัลไซเมอร์ ซึ่งมีความบกพร่องของ TrkB ที่เกี่ยวข้อง นอกจากนี้ ไซโคลแทรกซิน บี ยังถูกใช้ในงานทดลองเพื่อสำรวจผลกระทบทางรักษาที่เป็นไปได้ในโรคอารมณ์และความวิตกกังวล เนื่องจากตัวรับ TrkB เชื่อมโยงกับกลไกของยาต้านซึมเศร้า การประยุกต์ใช้นี้ขยายไปถึงการศึกษาก่อนคลินิกที่มุ่งพัฒนาการรักษาสำหรับภาวะที่เกี่ยวข้องกับกิจกรรม TrkB ที่เปลี่ยนแปลงไป