Zoniporide hydrochloride hydrate ใช้หลักในการวิจัยทางการแพทย์และการประยุกต์ใช้ทางบำบัด เนื่องจากบทบาทของมันในฐานะตัวยับยั้งที่แรงและเลือกสรรต่อ isoform 1 ของตัวขนส่งโซเดียม-ไฮโดรเจน (NHE-1) คุณสมบัตินี้ทำให้มีคุณค่าในการศึกษาภาวะขาดเลือดของหัวใจและการกลับสู่การไหลเวียนเลือดปกติ เนื่องจากการยับยั้ง NHE-1 ช่วยลดการสะสมโซเดียมและแคลเซียมภายในเซลล์ ซึ่งเป็นปัจจัยหลักที่ก่อให้เกิดความเสียหายต่อเนื้อเยื่อในเหตุการณ์ดังกล่าว มันถูกศึกษาสำหรับศักยภาพในการปกป้องเนื้อเยื่อหัวใจระหว่างการผ่าตัดหรือภาวะหัวใจขาดเลือดเฉียบพลัน โดยการลดการตายของเซลล์และปรับปรุงผลลัพธ์การฟื้นตัว นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจในงานวิจัยก่อนคลินิกสำหรับผลป้องกันทางประสาทในภาวะเช่น stroke ซึ่งการลดความเสียหายของเซลล์เป็นสิ่งสำคัญ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการเข้าใจกลไกเซลล์ในโรคต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับการควบคุม pH และการขนส่งไอออน