Hexadimethrine bromide ใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารช่วย transfection ในชีววิทยาโมเลกุล โดยช่วยในการนำกรดนิวคลีอิก เช่น DNA หรือ RNA เข้าสู่เซลล์ ผ่านการทำให้ประจุลบของโมเลกุลกรดนิวคลีอิกเป็นกลาง ซึ่งช่วยให้โมเลกุลเหล่านี้ผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ง่ายขึ้น ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการวิจัยพันธุกรรม การบำบัดด้วยยีน และการผลิตโปรตีนรีคอมบิแนนต์

นอกจากบทบาทในการ transfection แล้ว ยังใช้ในการชำระล้างกรดนิวคลีอิก โดยทำหน้าที่เป็นสารตกตะกอน ช่วยแยก DNA หรือ RNA ออกจากส่วนผสมที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นสำหรับการใช้งานต่อเนื่อง เช่น PCR การจัดลำดับ และการโคลน

นอกจากนี้ Hexadimethrine bromide ยังใช้ในการผลิตวัคซีนบางประเภท โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเวกเตอร์ไวรัส โดยช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของการถ่ายโอนไวรัส ทำให้การส่งมอบวัสดุพันธุกรรมเข้าสู่เซลล์เป้าหมายดีขึ้น การใช้งานนี้มีความสำคัญในการพัฒนาวัคซีนสำหรับโรคติดเชื้อและภูมิคุ้มกันบำบัดมะเร็ง

ความสามารถในการโต้ตอบกับโพลีแอนไอออนทำให้มีประโยชน์ในกระบวนการอุตสาหกรรมต่างๆ เช่น การบำบัดน้ำ โดยช่วยกำจัดสารปนเปื้อนผ่านการจับตัวเป็นก้อน โดยรวมแล้ว Hexadimethrine bromide มีบทบาทที่หลากหลายทั้งในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์และการใช้งานอุตสาหกรรม

ในด้านอื่นๆ ยังใช้ในอุตสาหกรรมกระดาษเพื่อปรับปรุงคุณภาพและความแข็งแรง และในห้องปฏิบัติการทางการแพทย์เพื่อช่วยในการเพาะเลี้ยงเซลล์โดยส่งเสริมการยึดเกาะของเซลล์กับพื้นผิว