ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีฐานซัลโฟนามายด์ หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรรกับนิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาเพื่อสร้างโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารเกษตรเพื่อสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากความเสถียรและปฏิกิริยาที่ดี มีการนำไปใช้มากขึ้นในเคมีชีวภาพสำหรับการออกแบบโพรบและตัวยับยั้ง โดยทำหน้าที่เป็นหัวรบในการจับเป้าหมายโคเวเลนต์ของเอนไซม์ หมู่คลอรีนและไทโอฟีนช่วยเพิ่มความเลือกสรรในการจับของยาที่เป็นผู้สมัคร