เบนซีนซัลโฟนิลฟลูออไรด์ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการนำกลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์เข้าไปในโมเลกุล กลุ่มฟังก์ชันนี้มีคุณค่าต่อเคมีคลิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการแลกเปลี่ยนฟลูออไรด์ซัลเฟอร์(VI) (SuFEx) ซึ่งถูกนำมาใช้ในการสร้างพันธะโคเวเลนต์ที่เสถียรในวิทยาศาสตร์วัสดุ การเชื่อมต่อทางชีวภาพ และการค้นพบยา มันทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการพัฒนายา ทำให้สามารถสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพที่มีความเสถียรและความเลือกสรรที่เพิ่มขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์และวัสดุขั้นสูง โดยความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันช่วยในการสร้างโครงสร้างที่แข็งแรงและมีหน้าที่เฉพาะ ในโปรตีโอมิกส์ มันถูกใช้เป็นโพรบเคมีเพื่อศึกษาการโต้ตอบและการดัดแปลงของโปรตีน เนื่องจากสามารถทำปฏิกิริยาแบบเลือกสรรกับกรดอะมิโน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่การวิจัยสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่