ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาในกลุ่มซัลฟา โดยเฉพาะยาปฏิชีวนะซัลโฟนาไมด์ ซึ่งทำปฏิกิริยากับอะมีนเพื่อสร้างซัลโฟนาไมด์ที่มีฤทธิ์ต้านการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด ยังใช้ในการเตรียมสารเคมีเกษตรและสีย้อม เนื่องจากสามารถนำกลุ่มซัลโฟนิลเข้าสู่โมเลกุลออร์แกนิก ในงานวิจัย ใช้เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมีคลิกและการติดฉลากโปรตีน เนื่องจากกลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยากับกรดอะมิโนนิวคลีโอฟิล ความเสถียรและความเลือกในการทำปฏิกิริยาทำให้มีคุณค่าต่อเคมีเภสัชในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์