ใช้เป็นหน่วยย่อยที่เป็น electrophile ที่มีปฏิกิริยาสูงในงานสังเคราะห์สารประกอบออร์แกนิก โดยเฉพาะในการพัฒนาโปรบตามโครงสร้างซัลโฟไนล์ฟลูออไรด์สำหรับงานชีวเคมีสังเคราะห์ ปฏิกิริยาของมันเหมาะสำหรับ SuFEx (Sulfur Fluoride Exchange) click chemistry ซึ่งช่วยให้เกิดการเชื่อมโยงแบบโคเวเลนต์ที่รวดเร็วและเลือกสรรได้ภายใต้สภาวะอ่อนโยน ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งแบบโคเวเลนต์และสารสำหรับติดฉลากโปรตีน โดยกลุ่มซัลโฟไนล์ฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาเลือกสรรกับหมู่ nucleophilic ของกรดอะมิโน เช่น ไลซีนและไทโรซีน นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในงานวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างโครงข่ายโพลิเมอร์ที่แข็งแรงผ่านปฏิกิริยาคลิก ความคงตัวในสื่อน้ำและความทนทานต่อกลุ่มฟังก์ชันสูงช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการใช้งานในสภาพแวดล้อมปฏิกิริยาที่หลากหลาย