ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มีกลุ่มซัลโฟนิล กลุ่มฟลูออโรซัลโฟนิลที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาซัลโฟนิเลชันที่มีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้งแบบโคเวเลนต์ โดยที่ส่วนฟลูออโรซัลโฟนิลทำหน้าที่เป็นหัวรบแบบไฟฟ้าดึงดูด ซึ่งสามารถสร้างพันธะที่เสถียรกับหมู่ย่อยแบบไฟฟ้าดันในโปรตีนเป้าหมาย นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในเคมีชีวภาพสำหรับการประยุกต์ใช้โพรบและการติดฉลาก เนื่องจากความสามารถในการทำปฏิกิริยาที่เลือกสรรได้ภายใต้สภาวะที่ควบคุม