ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอสและสารประกอบชีวภาพอื่นๆ ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ หมู่ซัลโฟนิลฟลูออไรด์ทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับนิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการนำหมู่ difluorobenzenesulfonyl เข้ามา นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีชีวภาพเป็นสารติดฉลาก เนื่องจากความสามารถในการดัดแปลงเลือกสรรกรดอะมิโนเซรีนและธรีโอนีนในโปรตีน นอกจากนี้ยังเป็นบล็อกก่อสร้างในการเตรียมสารกำจัดศัตรูพืชและวัสดุฟังก์ชันนัลที่หมู่ฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรและ reactivity โดยสามารถทำปฏิกิริยากับอะมีนหรือแอลกอฮอล์เพื่อสร้างพันธะโควาเลนต์ในโมเลกุลเป้าหมาย และนิยมใช้ในงานวิจัยโปรตีโอมิกส์สำหรับติดฉลากโปรตีนหรือศึกษาการทำงานของเอนไซม์ รวมถึงการผลิตวัสดุพิเศษ เช่น เรซินหรือโพลิเมอร์ที่ทนต่อสารเคมีและอุณหภูมิสูง