ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารกำจัดศัตรูพืช เนื่องจากหมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์สามารถทำปฏิกิริยากับอะมีนหรือแอลกอฮอล์ได้ ทำให้สร้างซัลโฟนามายด์หรือซัลโฟเนตเอสเทอร์ ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในสารออกฤทธิ์หลายชนิด โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเพศได้ในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบฐานซัลโฟนามายด์ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้บ่อยในการเตรียมตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ เนื่องจากธรรมชาติการดึงอิเล็กตรอนของหมู่ไตรฟลูออโรเมทิลและซัลโฟนิล นอกจากนี้ หมู่ไตรฟลูออโรเมทิลและโบรมีนช่วยเพิ่มความสามารถในการละลายในไขมันและเสถียรภาพของโมเลกุล ทำให้สารที่ได้มีฤทธิ์ทางชีวภาพสูงและคงตัวในร่างกายได้นานขึ้น ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับออกแบบโพลิเมอร์พิเศษที่มีความเสถียรทางความร้อนและออกซิเดชันที่ดีขึ้น หมู่โบรมีนช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งได้ ทำให้มีคุณค่าในเส้นทางสังเคราะห์แบบโมดูลาร์