ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ช่วยให้สามารถสร้างซัลโฟนาไมด์และซัลโฟเนตเอสเทอร์ได้ง่าย ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบบ่อยในโมเลกุลชีวภาพที่มีฤทธิ์ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากมีหมู่ไตรฟลูออโรมเมทอกซีและคลอโร ซึ่งช่วยเพิ่มความชอบไขมันและความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมยาในกลุ่มซัลฟาและตัวยับยั้งคินาสในงานวิจัยเคมียารักษาโรค ความสามารถในการทำปฏิกิริยาเฉพาะเจาะจงทำให้เหมาะสำหรับการดัดแปลงโครงสร้างและใช้ในเคมีคอมบิเนตอเรียลและการคัดกรองแบบไฮธรูพุท