Trimethyl(nonafluorobutyl)silane ใช้หลักๆ เป็นสารปรับสภาพพื้นผิวเพื่อมอบคุณสมบัติกันน้ำและกันน้ำมันให้กับวัสดุต่างๆ โดยทั่วไปใช้กับสิ่งทอ กระดาษ และพื้นผิวอื่นๆ เพื่อสร้างชั้นป้องกันที่กันน้ำซึ่งต้านทานคราบสกปรกและความชื้น ในอุตสาหกรรมอิเล็กทรอนิกส์ ใช้เป็นสารเคลือบสำหรับชิ้นส่วนเพื่อเพิ่มความต้านทานต่อปัจจัยสิ่งแวดล้อม เช่น ความชื้นและการกัดกร่อน นอกจากนี้ ยังใช้ในการผลิตสารเคลือบพิเศษสำหรับกระจกและเซรามิกส์ โดยให้พื้นผิวที่ทนทานและทำความสะอาดง่าย คุณสมบัติฟลูออรีนของมันยังทำให้เหมาะสำหรับการใช้งานในแอปพลิเคชันพลังงานพื้นผิวต่ำ เช่น สารถอนแบบในกระบวนการผลิตแม่พิมพ์