เบนซามิดีนไฮโดรคลอไรด์ไฮเดรตถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารยับยั้งโปรตีเอสในงานวิจัยทางชีวเคมี โดยยับยั้งเอนไซม์เช่น ทริปซิน ทรอมบิน และโปรตีเอสเซอรีนอื่นๆ อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้มีคุณค่าในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโปรตีน ในงานวิจัยทางการแพทย์ ช่วยในการตรวจสอบเส้นทางการแข็งตัวของเลือดและพัฒนายาเพื่อรักษาความผิดปกติของการแข็งตัวของเลือด นอกจากนี้ ยังใช้ในการศึกษาการเพาะเลี้ยงเซลล์เพื่อป้องกันการย่อยสลายของโปรตีน สร้างความมั่นใจในความถูกต้องของผลการทดลอง บทบาทในการคงความเสถียรของโปรตีนและเอนไซม์ยังทำให้มีประโยชน์ในการทดสอบวินิจฉัยและการพัฒนายา