Nafamostat hydrochloride ถูกใช้อย่างกว้างขวางในทางการแพทย์เพื่อเป็นสารต้านการแข็งตัวของเลือด (anticoagulant) โดยเฉพาะในการป้องกันการแข็งตัวของเลือดในระหว่างการฟอกเลือด (hemodialysis) และการบำบัดทดแทนไตอย่างต่อเนื่อง (continuous renal replacement therapy) ซึ่งช่วยลดความเสี่ยงของภาวะแทรกซ้อนจากการเลือดออก

นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการรักษาภาวะตับอ่อนอักเสบเฉียบพลัน (acute pancreatitis) โดยการยับยั้งเอนไซม์ protease ที่เกี่ยวข้องกับการอักเสบและความเสียหายของเนื้อเยื่อ

ในทางการแพทย์ฉุกเฉิน Nafamostat hydrochloride ยังถูกใช้เพื่อลดความเสี่ยงของการเกิดลิ่มเลือดในผู้ป่วยที่มีภาวะเลือดแข็งตัวผิดปกติ (disseminated intravascular coagulation; DIC) นอกจากนี้ยังมีการศึกษาที่แสดงถึงประสิทธิภาพในการยับยั้งไวรัสบางชนิด เช่น SARS-CoV-2 ซึ่งอาจเป็นประโยชน์ในการรักษาผู้ป่วย COVID-19

ด้วยคุณสมบัติในการยับยั้งเอนไซม์ ลดการอักเสบ และต้านการแข็งตัวของเลือด Nafamostat hydrochloride จึงเป็นหนึ่งในตัวเลือกที่สำคัญในการจัดการกับภาวะวิกฤตทางสุขภาพหลายประการ