สารละลายบัฟเฟอร์แมงกานีสคลอไรด์ใช้ในการศึกษาทางชีวเคมีและโมเลกุลชีววิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการแยกและวิเคราะห์โปรตีน เนื่องจากช่วยรักษาค่าความเป็นกรด-เบส (pH) ให้คงที่ ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญในการรักษาความเสถียรของโปรตีนและเอนไซม์ นอกจากนี้ยังใช้ในเทคนิคทางชีววิทยาโมเลกุล เช่น การวิเคราะห์ทางอิเล็กโตรโฟรีซิส เพื่อช่วยในการแยกและระบุโมเลกุลขนาดใหญ่ เช่น DNA, RNA และโปรตีน โดยการใช้บัฟเฟอร์นี้ช่วยให้กระบวนการทำงานมีประสิทธิภาพและแม่นยำมากขึ้น