ใช้เป็นสีย้อมเรืองแสงในงานย้อมสีทางชีววิทยาและการถ่ายภาพเซลล์ เนื่องจากมีคุณสมบัติละลายในไขมันสูง ทำให้สามารถรวมตัวเข้ากับเยื่อหุ้มเซลล์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นิยมใช้ในการติดฉลากไมโตคอนเดรีย เนื่องจากสะสมในเมทริกซ์ของไมโตคอนเดรียโดยขับเคลื่อนด้วยศักย์เยื่อหุ้มเซลล์ ยังใช้ในการติดตามพลวัตของเยื่อหุ้มเซลล์ เช่น การหลอมรวมและการแตกตัว ในเซลล์ที่มีชีวิต รูปแบบเกลือเพอร์คลอเรตช่วยเพิ่มความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ ทำให้เหมาะสำหรับการเตรียมสารละลายสต็อกในสภาพแวดล้อมที่ไม่ใช่น้ำ ใช้ในงานวิจัยประสาทวิทยาศาสตร์สำหรับการติดตามเซลล์ประสาทและการตรวจสอบกิจกรรมซินแนปติก นอกจากนี้ ยังใช้เป็นตัวบ่งชี้ในงานศึกษาลิโพโซมและเวซิเคิลเพื่อแสดงพฤติกรรมของเยื่อหุ้มเซลล์ภายใต้กล้องจุลทรรศน์