เอนโดนิวคลีเอส MnII ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการจัดการและวิเคราะห์ DNA โดยเฉพาะการตัด DNA ที่ตำแหน่งการจดจำ ทำให้มีคุณค่าในการทำแผนที่การจำกัดและวิศวกรรมพันธุกรรม เอนไซม์นี้ถูกใช้ในงานทดลองโคลนเพื่อสร้างชิ้นส่วน DNA ที่แม่นยำสำหรับการแทรกเข้าไปในเวกเตอร์ นอกจากนี้ยังช่วยในการศึกษาการโต้ตอบระหว่าง DNA-โปรตีนโดยการสร้างส่วน DNA ที่กำหนดไว้ นอกจากนี้ เอนโดนิวคลีเอส MnII ยังถูกนำมาใช้ในงานวินิจฉัย เช่น การระบุการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมหรือ polymorphisms ผ่านการวิเคราะห์ polymorphism ความยาวของชิ้นส่วนการจำกัด (RFLP) ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในงานวิจัยพันธุกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพ