เอ็นโดนิวคลีเอส HpaI ถูกนำมาใช้ในงานชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการจัดการ DNA โดยเฉพาะในการย่อยด้วย restriction enzyme ซึ่งจดจำลำดับ DNA เฉพาะและตัดมัน ทำให้สามารถวิเคราะห์ชิ้นส่วน DNA ได้อย่างแม่นยำ ใช้อย่างทั่วไปในการโคลน การสร้างแผนที่พันธุกรรม และเทคโนโลยี recombinant DNA มันช่วยในการศึกษาความโครงสร้าง หน้าที่ และการควบคุมของยีนโดยอำนวยความสะดวกในการปรับเปลี่ยนลำดับ DNA นอกจากนี้ยังใช้ในงานวินิจฉัยเพื่อระบุการกลายพันธุ์ทางพันธุกรรมหรือ polymorphisms ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีค่าต่อการวิศวกรรมพันธุกรรมและการวิจัยทางเทคโนโลยีชีวภาพ