เอนโดนิวคลีเอส HinfI ใช้เป็นเอนไซม์ตัดจำเพาะในงานทางชีววิทยาโมเลกุล โดยเฉพาะในการตัด DNA ที่ลำดับเฉพาะ "GANTC" ทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการวิเคราะห์ DNA การทำแผนที่ยีน และการโคลนยีน นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาลำดับเบสของ DNA และการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ โดยการตัด DNA ออกเป็นชิ้นเล็กๆ ทำให้สามารถแยกและศึกษาชิ้นส่วน DNA ได้อย่างมีประสิทธิภาพ