เอนโดนิวคลีเอส CIaI ใช้หลักในการวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุลเนื่องจากความสามารถในการตัด DNA ที่ตำแหน่งเฉพาะเจาะจง มีคุณค่าอย่างยิ่งในการวิศวกรรมพันธุกรรมและกระบวนการโคลน ซึ่งต้องการการจัดการ DNA อย่างแม่นยำ เอนไซม์นี้ถูกนำมาใช้ในการสร้างรอยตัดที่กำหนดไว้ในสาย DNA เพื่ออำนวยความสะดวกในการแทรกหรือลบลำดับพันธุกรรมเฉพาะ ความสามารถนี้มีความสำคัญต่อการสร้างโมเลกุล DNA สมมติ (recombinant DNA) ซึ่งจำเป็นสำหรับการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่ของยีน การผลิตโปรตีนสมมติ และการพัฒนาองค์ประกอบที่ถูกดัดแปลงพันธุกรรม นอกจากนี้ เอนโดนิวคลีเอส CIaI ยังถูกนำมาใช้ในแอปพลิเคชันวินิจฉัยต่างๆ รวมถึงการตรวจจับลำดับ DNA เฉพาะและการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ทางพันธุกรรม ความจำเพาะและประสิทธิภาพของมันทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการพัฒนาการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในเทคโนโลยีชีวภาพและการแพทย์