H-D-Ala-D-Ala-OMe · HCl เป็นสารเคมีที่ใช้ในการศึกษาด้านชีวเคมีและเภสัชวิทยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการวิจัยเกี่ยวกับกลไกการทำงานของเอนไซม์และยาปฏิชีวนะ เนื่องจากสารนี้เป็นส่วนหนึ่งของโครงสร้างเปปไทโดไกลแคนในผนังเซลล์ของแบคทีเรีย จึงถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือตัวยับยั้งในการทดสอบประสิทธิภาพของยาปฏิชีวนะ เช่น วานโคไมซิน ซึ่งออกฤทธิ์โดยการจับกับเปปไทโดไกลแคน นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์และพัฒนายาใหม่ที่มุ่งเป้าไปที่การต้านเชื้อแบคทีเรียดื้อยา โดยช่วยให้เข้าใจกลไกการดื้อยาและหาวิธีต่อสู้กับปัญหาดังกล่าว