อัลคาไลน์ ฟอสฟาเตสเป็นเอนไซม์ที่มีบทบาทสำคัญในหลายด้านของการวิจัยและการแพทย์ ในทางการแพทย์ มักใช้เป็นเครื่องหมายทางชีวภาพเพื่อช่วยในการวินิจฉัยโรคต่างๆ เช่น โรคตับและโรคกระดูก เนื่องจากระดับของเอนไซม์นี้ในเลือดสามารถบ่งชี้ถึงความผิดปกติของอวัยวะเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังมีการใช้ในห้องปฏิบัติการทางชีวเคมีเพื่อตรวจวัดกิจกรรมของเอนไซม์ในตัวอย่างเลือดหรือเนื้อเยื่อ

ในด้านเทคโนโลยีชีวภาพ อัลคาไลน์ ฟอสฟาเตสมักใช้ในกระบวนการโคลนนิ่งยีนและวิศวกรรมพันธุกรรม เนื่องจากสามารถช่วยในการกำจัดกลุ่มฟอสเฟตจาก DNA หรือ RNA ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการเตรียมสารพันธุกรรมสำหรับการทดลองต่างๆ นอกจากนี้ ยังใช้ในเทคนิคทางอิมมูโนวิทยา เช่น ELISA เพื่อช่วยในการตรวจจับแอนติบอดีหรือแอนติเจนในตัวอย่างทางคลินิก และในอิมมูโนฮิสโตเคมี ใช้เป็นฉลากสำหรับแอนติบอดีเพื่อแสดงภาพโปรตีนเฉพาะในตัวอย่างเนื้อเยื่อ บทบาทเพิ่มเติมในเทคโนโลยีชีวภาพรวมถึงการทำหน้าที่เป็นยีนรีพอรเตอร์ในวิศวกรรมพันธุกรรมเพื่อตรวจสอบการแสดงออกของยีน

ในอุตสาหกรรมอาหาร เอนไซม์นี้ถูกใช้ในการกำจัดกลุ่มฟอสเฟตจากโมเลกุล เพื่อปรับปรุงเนื้อสัมผัสและอายุการเก็บรักษาของผลิตภัณฑ์บางชนิด