อัลคาไลน์ฟอสฟาเตสถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอณูชีววิทยาและชีวเคมีสำหรับการประยุกต์ใช้ต่างๆ โดยมักใช้ในการกำจัดกลุ่มฟอสเฟตจากดีเอ็นเอ อาร์เอ็นเอ และโปรตีน ซึ่งจำเป็นสำหรับการป้องกันการเชื่อมต่อตัวเองในงานทดลองโคลนิง เอนไซม์นี้ยังถูกนำมาใช้ใน ELISA และการทดสอบอิมมูโนอะเซย์อื่นๆ ในฐานะโมเลกุลผู้รายงาน ซึ่งมันเร่งปฏิกิริยาสีหรือเคมีเรืองแสงเพื่อตรวจจับโมเลกุลเป้าหมาย ในการวินิจฉัยทางคลินิก อัลคาไลน์ฟอสฟาเตสทำหน้าที่เป็นตัวบ่งชี้ชีวภาพสำหรับความผิดปกติของตับและกระดูก โดยระดับที่สูงมักบ่งชี้ถึงภาวะเช่น ตับอักเสบ ตับแข็ง หรือโรคกระดูก นอกจากนี้ ยังใช้ในฮิสโตเคมีเพื่อแสดงภาพกิจกรรมเอนไซม์เฉพาะเนื้อเยื่อ ช่วยในการศึกษากระบวนการเซลล์และพยาธิวิทยาโรค ความหลากหลายและความเสถียรของมันทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในทั้งงานวิจัยและการแพทย์