ใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาของเซลล์มะเร็ง โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับเซลล์ต้นกำเนิดของเนื้องอกและเซลล์มะเร็งที่มีการแสดงออกของ EpCAM สูง เช่น มะเร็งลำไส้ใหญ่ มะเร็งเต้านม และมะเร็งตับอ่อน เนื่องจากโปรตีนนี้ทำหน้าที่เป็นตัวรับที่เกี่ยวข้องกับการยึดติดของเซลล์และการส่งสัญญาณภายในเซลล์ จึงถูกใช้เป็นเป้าหมายในการพัฒนาแอนติบอดีรักษาโรคมะเร็ง นิยมใช้ในเทคนิค ELISA, การตรวจหาโปรตีนโดยวิธีการจับกับพื้นผิว (immobilization) หรือการแยกเซลล์ผ่านระบบ magnetic bead หรือ FACS เนื่องจากมีส่วนของ Fc tag ที่ช่วยให้จับกับโปรตีน A/G หรือตรวจจับด้วยแอนติบอดีต่อ Fc ได้ง่าย นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาวัคซีนหรือการบำบัดด้วยภูมิคุ้มกัน (immunotherapy) โดยใช้เป็นแอนติเจนเพื่อกระตุ้นการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันต่อเซลล์มะเร็งที่มี EpCAM อยู่บนผิวเซลล์