ใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาของเซลล์มะเร็ง โดยเฉพาะในการศึกษาเกี่ยวกับโปรตีนที่แสดงออกบนผิวเซลล์เยื่อบุที่เปลี่ยนเป็นมะเร็ง เช่น มะเร็งลำไส้ มะเร็งเต้านม และมะเร็งตับอ่อน เนื่องจากโปรตีนนี้มีบทบาทในการยึดติดระหว่างเซลล์และส่งสัญญาณการเจริญเติบโตของเซลล์ ทำให้เป็นเป้าหมายสำคัญในการพัฒนาแอนติบอดีรักษาโรคมะเร็ง นิยมใช้เป็นแอนติเจนในการพัฒนาและทดสอบแอนติบอดีเฉพาะเป้าหมาย รวมถึงใช้ในระบบตรวจวัดทางชีวภาพ เช่น ELISA หรือ การตรวจด้วยการเรืองแสง เพื่อประเมินประสิทธิภาพของสารที่ออกฤทธิ์ต่อ EpCAM นอกจากนี้ยังใช้ในงานแยกและทำให้บริสุทธิ์เซลล์ต้นกำเนิดหรือเซลล์มะเร็งจากตัวอย่างชีวภาพ เนื่องจากโปรตีนนี้มีอยู่มากบนผิวเซลล์เหล่านี้ โดยเฉพาะเมื่อรวมกับเทคนิค magnetic bead หรือ FACS โปรตีนที่ติดป้าย His Tag ยังช่วยให้สามารถจับกับคอลัมน์นิกเกิลได้ง่าย ทำให้ใช้ในการทำ affinity purification และการตรวจสอบด้วย anti-His antibody ได้อย่างสะดวกในห้องปฏิบัติการ