ใช้ในงานวิจัยด้านภูมิคุ้มกันวิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาการทำงานของเซลล์ T เนื่องจากโปรตีนนี้มีบทบาทสำคัญในการกระตุ้นและส่งสัญญาณของเซลล์ T ผ่านคอมเพล็กซ์ TCR/CD3 สามารถนำไปใช้ในการพัฒนาการรักษาโรคมะเร็งด้วยภูมิคุ้มกันบำบัด เช่น การออกแบบแอนติบอดีโมโนคลอนอลหรือ CAR-T cell therapy นอกจากนี้ยังใช้เป็นมาตรฐานหรือรีเอเจนต์ในการตรวจวัดระดับการแสดงออกของ CD3 ในตัวอย่างชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะในงาน ELISA หรือการตรวจด้วยการไหลไซโตเมทรี (flow cytometry)