R-Hydroxychloroquine ถูกใช้เป็นยารักษาโรคมาลาเรีย ซึ่งเป็นโรคที่เกิดจากเชื้อปรสิตที่แพร่กระจายโดยยุง ตัวยานี้ช่วยยับยั้งการเจริญเติบโตของปรสิตในร่างกาย นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง เช่น โรคลูปัส (SLE) และโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ โดยช่วยลดอาการอักเสบและควบคุมการทำงานของระบบภูมิคุ้มกัน ในบางกรณีอาจมีการศึกษาถึงประสิทธิภาพในการรักษาโรคติดเชื้อไวรัส แต่การใช้ควรอยู่ภายใต้การดูแลของแพทย์อย่างใกล้ชิดเนื่องจากอาจมีผลข้างเคียงได้