2-Fluoro-5-iodopyrimidine ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์อนุภาคนูคลีโอไซด์อนาล็อก ซึ่งมักถูกตรวจสอบสำหรับคุณสมบัติต้านไวรัสและต้านมะเร็งที่เป็นไปได้ การมีอะตอมฟลูออรีนและไอโอดีนทั้งคู่ในโมเลกุลทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการปรับเปลี่ยนทางเคมีเพิ่มเติม ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki และ Sonogashira couplings เพื่อสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนยิ่งขึ้นสำหรับการค้นพบยาและการประยุกต์ทางวัสดุศาสตร์ ความตอบสนองที่ไม่เหมือนใครยังทำให้มีคุณค่าในการศึกษเคมีฟลูออรีน สนับสนุนการพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ