2-Aminopyrimidine-5-methanol ถูกนำไปใช้หลัก ๆ ในสาขาเคมียารักษาโรคในฐานะสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่าง ๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ เช่น ยายับยั้งคินาส ซึ่งมีความสำคัญต่อการรักษามะเร็ง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างยาต้านไวรัสและยาต้านแบคทีเรีย สนับสนุนการต่อสู้กับโรคติดเชื้อ ในอุตสาหกรรมการสังเคราะห์อินทรีย์ สารประกอบนี้ถูกใช้ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น เนื่องจากมีกลุ่มฟังก์ชันที่ทำปฏิกิริยาได้ง่าย ซึ่งช่วยให้สามารถสร้างโครงสร้างเคมีที่หลากหลายได้ ความยืดหยุ่นของมันยังขยายไปสู่การวิจัยทางเกษตรเคมี ซึ่งช่วยในการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ ๆ