Methyl 2-iodoisonicotinate ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาสารประกอบชีวภาพหลากหลายและยาตัวสมัคร กลุ่มโซ่ไอโอดีนทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าต่อปฏิกิริยาครอสคัปปลิ้ง เช่น Suzuki หรือ Sonogashira ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อคุณสมบัติทางรักษา กลุ่มเอสเตอร์ยังช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติม ทำให้มีความยืดหยุ่นในงานวิจัยทางเคมียารักษา