ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพที่ต้องการแกนเฮเทโรไซคลิกที่ถูกฮาโลเจนแทนที่ หมู่ไอโอดีนช่วยให้สามารถแปลงโครงสร้างเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอสคัปพลิง เช่น ปฏิกิริยา Suzuki หรือ Heck ซึ่งช่วยในการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน นิยมใช้ในเคมียารักษาเพื่อการปรับปรุงสารนำร่อง เนื่องจากคุณสมบัติด้านสเตอร์ริกและอิเล็กทรอนิกส์ที่เหมาะสมของโครงสร้าง methylpyrazole นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมตัวยับยั้ง kinase และการบำบัดแบบกำหนดเป้าหมายอื่นๆ ในโปรแกรมค้นคว้ายา