เอโซเมพราโซล แมกนีเซียมซอลต์ ใช้กันอย่างแพร่หลายในการรักษาโรคระบบทางเดินอาหาร โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับการผลิตกรดในกระเพาะอาหารมากเกินไป มักสั่งจ่ายสำหรับภาวะเช่น โรคกรดไหลย้อน (GERD) ซึ่งช่วยลดอาการกรดไหลย้อน เช่น อาการแสบร้อนกลางอกและการไหลย้อนของกรด นอกจากนี้ยังมีประสิทธิภาพในการรักษาเยื่อบุหลอดอาหารอักเสบแบบกัดกร่อน ซึ่งเกิดจากการที่กรดในกระเพาะทำลายเยื่อบุหลอดอาหาร

สารประกอบนี้ยังใช้ในการจัดการแผลในกระเพาะอาหาร รวมถึงที่เกิดจากการใช้ยาแก้ปวดและอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) เป็นเวลานาน มักใช้ร่วมกับยาปฏิชีวนะในการกำจัด Helicobacter pylori ซึ่งเป็นแบคทีเรียที่ทำให้เกิดแผลในกระเพาะบางชนิด

ในบางกรณี ใช้ป้องกันแผลในกระเพาะอาหารในผู้ป่วยที่มีความเสี่ยงจาก NSAID นานหรือในภาวะวิกฤต ความสามารถในการยับยั้งการหลั่งกรดทำให้เป็นส่วนสำคัญในการรักษา Zollinger-Ellison syndrome ซึ่งเป็นภาวะหายากที่มีการผลิตกรดในกระเพาะมากเกินไป

เอโซเมพราโซล แมกนีเซียมซอลต์ มักให้ทางปากในรูปแบบเม็ดหรือแคปซูลชนิดปล่อยยาช้า เพื่อให้มีประสิทธิภาพในการกำหนดเป้าหมายเซลล์ผลิตกรดในกระเพาะอาหาร ควรใช้ตามคำแนะนำของแพทย์เพื่อประสิทธิภาพสูงสุดและลดผลข้างเคียง