Z-Pyr-OtBu ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับกรดคาร์บอกซิลิก โดยช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่พึงประสงค์ระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ ทำให้กระบวนการสังเคราะห์มีการควบคุมและมีประสิทธิภาพมากขึ้น สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสของแข็ง (SPPS) ซึ่งให้ความเสถียรแก่ผลิตภัณฑ์กลาง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมโมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อน ซึ่งการปกป้องและถอดปกป้องกลุ่มฟังก์ชันอย่างเลือกสรรเป็นสิ่งสำคัญ การประยุกต์ใช้ขยายไปสู่เคมียารักษาโรค ซึ่งช่วยในการพัฒนายาเพปไทด์และสารประกอบชีวภาพ