tert-Butyl ((6-chloropyrazin-2-yl)methyl)carbamate ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างที่มีส่วน chloropyrazine ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีการประยุกต์ใช้ทางรักษา เช่น ยาต้านไวรัสหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบเปปไทด์ โดยที่กลุ่ม tert-butyl carbamate ทำหน้าที่เป็น protecting group สำหรับอะมีนในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน สารเคมีนี้ยังถูกสำรวจในการวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจาก reactivity และ versatility ของโครงสร้าง