Boc-Ser(Me)-OH เป็นสารที่ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเป็นรูปแบบป้องกันของเซรีน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันสำหรับอะมิโนกรุ๊ป ในขณะที่กลุ่ม O-เมทิลป้องกันกลุ่มไฮดรอกซิลบนสายข้างของเซรีน กรดคาร์บอกซิลิกยังคงเป็นอิสระ ทำให้สามารถทำปฏิกิริยาการจับคู่ได้ การป้องกันแบบนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเฉพาะเจาะจงที่ตำแหน่งอื่นๆ ของโซ่เปปไทด์ โดยป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์จากกลุ่มไฮดรอกซิล มีประโยชน์อย่างยิ่งในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) ซึ่งช่วยในการสร้างเปปไทด์ที่ซับซ้อน หลังจากประกอบโซ่เปปไทด์แล้ว กลุ่ม Boc สามารถถูกกำจัดภายใต้สภาวะกรด ในขณะที่กลุ่ม O-เมทิลมักคงอยู่เป็นการป้องกันถาวร การประยุกต์ใช้สารนี้มีความสำคัญในการผลิตยา เปปไทด์สำหรับงานวิจัย และสารชีวภาพที่ใช้งานได้