FMoc-Cit-OMe ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิคการสังเคราะห์แบบของแข็ง (Solid-Phase Peptide Synthesis, SPPS) มันทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของซิทรูลีน (citrulline) โดยกลุ่ม FMoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับกลุ่มอะมิโน และ OMe (methyl ester) ป้องกันกลุ่มคาร์บอกซิล สารประกอบนี้มีความสำคัญในการรวมเอาส่วนของซิทรูลีนเข้าไปในโซ่เปปไทด์ด้วยความแม่นยำสูง โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการวิจัยที่มุ่งเน้นไปที่การดัดแปลงหลังการแปล (post-translational modifications) เนื่องจากการซิทรูลลิเนชัน (citrullination) มีบทบาทสำคัญในกระบวนการชีวภาพต่างๆ รวมถึงการตอบสนองทางภูมิคุ้มกันและการควบคุมการทำงานของโปรตีน นอกจากนี้ FMoc-Cit-OMe ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาเปปไทด์สำหรับการประยุกต์ใช้ทาง درمانیและวินิจฉัย เช่น การศึกษาโรคภูมิต้านตนเอง เช่น โรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ (rheumatoid arthritis) ซึ่งโปรตีนที่ถูกซิทรูลลิเนตเป็นตัวบ่งชี้ทางชีวภาพหลัก ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดกลุ่มป้องกันทำให้เป็นตัวเลือกที่เชื่อถือได้สำหรับนักเคมีเปปไทด์