L-Alanine benzyl ester hydrochloride ใช้ในการสังเคราะห์ทางเคมีเป็นสารตั้งต้นสำคัญสำหรับการผลิตเปปไทด์และอนุพันธ์ของกรดอะมิโน โดยเฉพาะในกระบวนการเพปไทด์เคมีที่ต้องการกลุ่มป้องกัน (protecting group) เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะที่ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีโครงสร้างซับซ้อน รวมถึงการประยุกต์ใช้ในห้องปฏิบัติการเพื่อศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และปฏิกิริยาเคมีในระบบชีวภาพ