ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการป้องกันหมู่เอมีโนที่ปลาย N ของ Boc-5-chloro-DL-tryptophan ระหว่างการเกิดพันธะเปปไทด์ ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตเปปไทด์และโปรตีนที่ซับซ้อน ทำให้เกิดความเลือกสรรในการทำปฏิกิริยาเคมีแบบหลายขั้นตอน การดัดแปลงด้วยคลอรีนที่ตำแหน่ง 5 บนวง indole ของทริปโตเฟน ทำให้เป็นอนุภาคอนุโลมที่เป็นประโยชน์ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรมทางชีวภาพในโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมในการพัฒนาเปปไทด์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพและยาตัวสมุคร ซึ่งจำเป็นต้องควบคุมการนำเอมีโนแอซิดเข้าไปอย่างแม่นยำ กลุ่มป้องกัน Boc สามารถถูกกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะกรดอ่อนๆ อนุญาตให้ทำการปรับเปลี่ยนหรือปฏิกิริยาคัปปลิ้งเพิ่มเติม