ไกลซีนเทอร์ต-บิวทิลเอสเตอร์ไฮโดรคลอไรด์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะกลุ่มปกป้องสำหรับกรดคาร์บอกซิลิก โดยเฉพาะอย่างยิ่งมีคุณค่าต่อการสังเคราะห์เปปไทด์ ซึ่งช่วยป้องกันปฏิกิริยาที่ไม่ต้องการที่กลุ่มกรดคาร์บอกซิลิกในระหว่างการก่อตัวของพันธะเปปไทด์ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการเตรียมอนุพันธ์กรดอะมิโนและสารกลางสำหรับการใช้งานทางเภสัชกรรม ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดภายใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นตัวเลือกที่ต้องการในเส้นทางสังเคราะห์ที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในการพัฒนาโปรดรัก ซึ่งช่วยเพิ่ม bioavailability และความเสถียรของส่วนประกอบเภสัชกรรมที่ออกฤทธิ์