Boc-Orn(Fmoc)-OH ใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และโปรตีนในกระบวนการทางเคมี โดยเฉพาะในการป้องกันกลุ่มฟังก์ชันของกรดอะมิโนระหว่างการสร้างสายเปปไทด์ กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) และ Fmoc (9-fluorenylmethoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันที่สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกเฉพาะ ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบ solid-phase peptide synthesis (SPPS) นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและโครงสร้างของโปรตีน และในการพัฒนายาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความแม่นยำในการสังเคราะห์สารชีวโมเลกุล