Nα-Fmoc-D-arginine Hydrochloride ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการ solid-phase peptide synthesis (SPPS) สารนี้ทำหน้าที่เป็นรูปแบบที่ได้รับการป้องกันของ D-arginine โดยกลุ่ม Fmoc ทำหน้าที่เป็นกลุ่มป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่อะมิโนในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ สารประกอบนี้จำเป็นสำหรับการนำหน่วยย่อยของ D-arginine เข้าสู่เปปไทด์ ซึ่งมีความสำคัญต่อการศึกษาสเตอรีโอเคมีของเปปไทด์และการพัฒนาเปปไทด์ที่มีความเสถียรหรือกิจกรรมทางชีวภาพที่เพิ่มขึ้น การประยุกต์ใช้ของมันมีความสำคัญอย่างยิ่งในการผลิตเปปไทด์บำบัด, เปปไทโดมิมิติกส์, และเครื่องมือวิจัยสำหรับการศึกษาการโต้ตอบระหว่างโปรตีน-โปรตีน รูปแบบเกลือ hydrochloride ช่วยให้มีความละลายและการจัดการที่ดีขึ้นในตัวทำละลายอินทรีย์ที่ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์เปปไทด์