เคมีภัณฑ์นี้ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการรวม N-เมทิลอาร์จินีน ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตะกอน (SPPS) กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ปกป้องกลุ่ม N-เมทิลอะมิโน ในขณะที่กลุ่ม Mtr (4-methoxy-2,3,6-trimethylbenzenesulfonyl) ปกป้องหน้าที่กวนิดีนของโซ่ข้างอาร์จินีน การป้องกันนี้ทำให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะในระหว่างการประกอบโซ่เปปไทด์ ป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ มีประโยชน์เป็นพิเศษในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีสารตกค้าง N-เมทิลอาร์จินีน ซึ่งพบได้บ่อยในเปปไทด์และโปรตีนที่กระตุ้นทางชีวภาพ หลังจากการสังเคราะห์เปปไทด์ กลุ่มป้องกันสามารถถูกกำจัดภายใต้สภาวะเฉพาะเพื่อให้ได้ลำดับเปปไทด์ที่ต้องการ การประยุกต์ใช้มีความสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรม การพัฒนายา และการศึกษาการโต้ตอบโปรตีน-โปรตีน