N-Boc-3-cyclohexyl-D-alanine ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์และเปปไทด์เลียนแบบ โดยทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Boc (tert-butoxycarbonyl) ให้ความเสถียรระหว่างปฏิกิริยาการจับคู่เปปไทด์ เพื่อให้มั่นใจในความสมบูรณ์ของโครงสร้างกรดอะมิโน สารประกอบนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในเคมียาในการออกแบบและพัฒนายา 기반เปปไทด์ เนื่องจากกลุ่ม cyclohexyl สามารถเพิ่ม lipophilicity และมีอิทธิพลต่อคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของโมเลกุลสุดท้าย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาการโต้ตอบระหว่างเอนไซม์และซับสเตรต และสร้างบล็อกสร้างชิราลสำหรับการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการผลิตสารประกอบชีวภาพที่กำหนดเป้าหมายไปยังโรคต่าง ๆ รวมถึงมะเร็งและโรคติดเชื้อ